Il penultimo giorno della sua vita, p. Filippo chiese al confratello p. Pietro Consolini che celebrasse una Messa per lui: “la Messa che chiedo è quella per i defunti”. Già il 15 maggio p. Filippo aveva predetto la sua dipartita dopo dieci giorni. E così avvenne all’alba seguente la solennità di Corpus Domini, 26 maggio 1595. Dice il biografo Antonio Gallonio che aspettava «la morte non come cosa spiacevole, ma come cosa da lui per lungo tempo desiderata».
Durante il 25 maggio fino all’ultimo continuò ininterrotto in camera il flusso di suoi penitenti e figli spirituali; si confessarono quel giorno i cardinali Agostino Cusano e Federico Borromeo, di sera altri padri della Vallicella. Con tutti quelli che passarono in camera si intrattenne familiarmente, scambiando qualche parola e dispensando le sue benedizioni.
La notte fu proprio p. Antonio Gallonio che aveva la camera sotto la sua ad alzarsi e precipitarsi da p. Filippo che sentiva camminare avanti e indietro per la stanza: “Antonio io me ne vò” disse p. Filippo. Assieme corsero pure gli altri padri che assistettero al capezzale. Allora Cesare Baronio chiese al Padre di dire qualcosa, dare almeno una benedizione e, appena aperto il breviario, gli cadde l’occhio sul versetto: “Proteggi il ceppo che la tua destra ha piantato, il germoglio che ti sei coltivato” (Sal 79,16).
Il p. Pietro Bacci che pubblicò la sua biografia nell’anno di canonizzazione di San Filippo (1625), racconta così il suo ultimo giorno: Giunto dunque il giorno della solennità del Santissimo Sacramento [Corpus Domini], (festa ad esso di molta particolare devozione) che in quell’anno venne alli venticinque di Maggio… Dopo tanta devozione avuta in vita verso il SS. Sacramento dell’altare, San Filippo termina il suo pellegrinaggio terreno la notte di Corpus Domini.
Se lo ricordiamo ancora laico che si faceva animatore della preghiera durante le SS. Quarantore di adorazione eucaristica, da sacerdote si moltiplicarono i fenomeni mistici durante la Messa; specie negli ultimi quattro anni che ottenne dal vescovo di Roma il permesso di celebrare privatamente in una cappella di casa. Le testimonianze rese a processo riguardo le Messe celebrate da San Filippo sono centinaia. Dal chierico che racconta di avergli dovuto tirare la pianeta alla consacrazione per distoglierlo dall’assortimento in cui era immerso, a quando sbatteva i piedi alla predella per distrarsi ed evitare le estasi. Già in sacrestia in preparatio ad Missa San Filippo andava in estasi.
Ancora avevano visto il vino nel calice assumere la parvenza di sangue umano, mentre si conservano ancora i calici morsicati, col segno dei denti nella coppa. Chi serviva la Messa (che sfiorava talora le due ore) si allontanava al Sanctus e poi San Filippo aveva lì una campana da suonare dopo la consacrazione per avvisare di tornare. All’Agnus Dei uscendo dalla cappella appendevano un cartello sulla porta: “Silenzio, che ‘l padre dice Messa”.
